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バイオインフォマティクス 学会発表論文

Hiroshi Matsuno, Makoto Akashi, A role of RORα on the phase regulation in mammalian circadian cycles, Brazilian Symposium on Bioinformatics 2013 (Lecture Notes in Bioinformatics), Recife, Brazil, Nov. 4-6, accepted, 2013.

Manabu Sugii, Edgar Wingender, Hiroshi Matsuno, Petri Net modeling of oscillatory processes in the activation of cell cycle proteins, Proc. The 28th International Technical Conference on Circuit/Systems, Computers and Communications, pp.76-79, June 30 - July 1, 2013, Korea, 2013.

松本唯尊、葛崎偉、松野浩嗣、滞留なしペトリネットにおける依存部分ネット決定アルゴリズムの提案、電子情報通信学会技術研究報告、MSS2012-50, pp.27-32, 2013.

Mayuka Onishi, Hiroshi Matsuno, Adrien Faure, Revisiting Delta-Notch signaling in Drosophila through logical modeling and analysis, IEICE Technical Report、MSS2012-64, pp.31-36, 2013.

Yuki Murakami, Qi-Wei Ge, Hiroshi Matsuno, Incorporation of cycles and inhibitory arcs into the timed Petri net model of signaling pathway, IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications, and Computer Sciences, Vol.E96-A, No.2, pp.514-524, 2013.

Zhongyuan Tian, Adrien Faure, Hirotada Mori, Hiroshi Matsuno, Identification of key regulators in glycogen utilization in E.coli based on the simulations from a hybrid functonal Petri net model, 4th International Workshop on Biological Processes & Petri nets, Milan, Italy, June 24, 2013; CEUR Workshop Proceedings, Vol. 988, pp.75-88, 2013.

森渉, Adrien Faure, 松野浩嗣, 状態推移シミュレーションによる時計遺伝子機構のシステム解析, 第25回回路とシステムワークショップ論文集, pp.450-455, 2012. 

相原大輝、竹内力也、森浩禎、松野浩嗣、大腸菌2遺伝子欠失による生育影響と転写データベース照合による新関連性発見の試み、第25回回路とシステムワークショップ論文集、pp.456-461, 2012.

村上祐樹,葛崎偉,松野浩嗣,シグナル伝達経路の性質に基づく時間ペトリネットのトークン滞留なし条件の検討,電子情報通信学会技術研究報告,vol.111, no.453, (MSS2011-77), pp.29-34, 2012.

伊藤剛,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,可視化数列に基づくクラスター分析によるがん細胞の分類,電子情報通信学会2012年総合大会講演論文集,D-16-4, 2012.

北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,タンパク質分布情報によるがん細胞の可視化手法に関する一考察,電子情報通信学会2012年総合大会講演論文集,D-16-1, 2012.

吉田卓洋,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,SOMによるがん細胞の分類に関する一考察,電子情報通信学会2012年総合大会講演論文集,D-2-13, 2012.

井川翔平,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,可視化数列によるがん細胞認識に関する一考察,電子情報通信学会2012年総合大会講演論文集,D-2-11, 2012.

北風裕教、井川翔平、伊藤剛、古屋智子、神田全啓、池田信彦、松野浩嗣、セルアレイデータに基づくがん細胞分類を支援するタンパク質情報可視化手法の提案、電子情報通信学会技術研究報告、MSS2012-23、pp.123-128, 2012.

Tomoaki Yamamotoya, Hitomi Dose, Zhongyuan Tian, Adrien Faure, Yoshihiro Toya, Masayuki Honma, Kaori Igarashi, Kenji Nakahigashi, Tomoyoshi Soga, Hirotada Mori, Hiroshi Matsuno, Glycogen is the primary source of glucose during the lag phase of E.coli proliferation, Biochimica et Biophysica Acta, Vol.1824, pp.1442-1448, 2012.

伊藤剛,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,情報圧縮されたがん細胞データの差分による分類,平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.352-354, 2011.

吉田卓洋,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,情報圧縮されたがん細胞情報のSOM を用いた分類検証,平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.227-228, 2011.

井川翔平,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,ニューラルネットワークを用いたがん細胞の認識検証,平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.224-225, 2011.

Hiroshi Matsuno, Masao Nagasaki, Satoru Miyano, Hybrid Petri net based modeling for biological pathway simulation, Natural Computing, Vol.10, pp.1099-1120, 2011.

村上祐樹,葛崎偉,松野浩嗣,サイクリック構造を含むシグナル伝達経路ペトリネットモデルの滞留なし発火頻度決定手法の提案,電子情報通信学会技術研究報告,vol.111, no.294, (MSS2011-45), pp.71-76, 2011.

村上祐樹,葛崎偉,松野浩嗣,シグナル伝達経路ペトリネットモデルのサイクリック構造に対する滞留なし発火頻度決定手法,平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.97-98,2011.

北風裕教,井川翔平,伊藤剛,池田信彦,松野浩嗣,がん細胞内のタンパク質情報を用いた可視化による分析支援法,平成22年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,p.117, 2010.

Yoshimasa Miwa, Yuki Murakami, Qi-Wei Ge, Chen Li, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Delay time determination for the timed Petri net model of a signaling pathway based on its structural information, IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications, and Computer Sciences, Vol.E93-A, No.12, pp.2717-2729, 2010.

Yoshimasa Miwa, Chen Li, Qi-Wei Ge, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, On determining firing delay time of transtions of Petri net based signaling pathways by introducing decision rules, In Silico Biology, Vol.10, pp.49-66, 2010. http://www.bioinfo.de/isb/2010/10/0004/

村上祐樹,三輪良雅,葛崎偉,松野浩嗣,シグナル伝達経路の構造情報に基づく時間ペトリネットの遅延時間決定手法の提案,平成22年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.273-274, 2010.

Chigusa Miyakawa, Manabu Sugii, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Computational predictions for functional proteins working after cleaved in apoptotic pathway, Proc. International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems (CISIS2009), pp.808-812, 2009.

三輪良雅,李晨,葛崎偉,松野浩嗣,確率を用いたトークン滞留しない時間ペトリネットモデルのトランジション発火時間の決定法,電子情報通信学会コンカレント工学研究会研究報告,Vol.109, No.301, CST2009-30, pp.71-76, 2009.

宮本賢志,松野浩嗣,井上愼一,哺乳類生物時計における遺伝子転写調節のペトリネットモデル,日本時間学会第1回大会講演予稿集,p.17, 2009.

Hiroshi Matsuno, Hirotada Mori, Pattern analysis of enzyme expressions in E.coli metabolic pathways with a systems biology approach, The 3rd International Conference on Fermentation Technology for Value Added Agricultural Products, p.59, Khon Kaen, Thailand, 2009.8.26.

Kenji Miyamoto, Hiroshi Matsuno, Shin-ichi T. Inouye, Simulation of the phase decision processes of clock gene expressions by promoter transcriptional regulations, 2009 International Workshop on Computational and Integrative Biology, p.61, Hangzhou, China, 2009.

Yoshimasa Miwa, Qi-Wei Ge, Hiroshi Matsuno, An algorithm to produce conditional equation for smooth signal flows in the Petri net model of a signaling pathway, 2009 International Workshop on Computational and Integrative Biology, p.31, Hangzhou, China, 2009.

立花麻耶、北風裕教、池田信彦、松野浩嗣、タンパク質情報を用いたSOMによるがん細胞分類の実験と評価、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.563-564,2009.

下村佳史、池田信彦、北風裕教、松野浩嗣、タンパク質の量と凝集度に基づくSOMによるがん細胞分類システムの動作検証、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.561-562,2009.

三輪良雅、樋岡幹司、葛崎偉、松野浩嗣、時間ペトリネットに基づくシグナル伝達経路モデルの発火頻度条件式導出アルゴリズムの提案、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.377-378,2009.

宮本賢志、松野浩嗣、井上愼一、プロモータ転写調節による時計遺伝子発現の位相決定プロセスのシミュレーション、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.336-337,2009.

山本屋智章、池上雄人、道瀬ひとみ、森浩禎、松野浩嗣、培養条件の違いによる大腸菌酵素発現パターン変化のシミュレーション解析、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.334-335,2009.

 財原大地、森浩禎、松野浩嗣、大腸菌代謝シミュレーションモデル構築のためのパスウェイ情報の取得、平成21年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.332-333,2009.

三輪良雅,樋岡幹司,葛崎偉,松野浩嗣,シグナル伝達経路のペトリネット表現に基づく反応パラメータ条件式導出アルゴリズムの提案,電子情報通信学会コンカレント工学研究会研究報告,Vol.109, No.165, CST2009-16, pp.25-30, 2009.

Hiroshi Matsuno, Natsumi Mito, Shin-Ichi T. Inouye, Simulation of Mammalian Circadian Clock for the Analysis of Interlocked Feedback Loops in Robust Oscillation, Proc. The 24th International Technical Conference on Circuit/Systems, Computers and Communications, pp. 264-267, 2009.

北風裕教、神田全啓、中司弘樹、池田信彦、松野浩嗣、宮野悟、リカレントニューラルネットワークによる細胞内反応経路の脆弱・頑健部位の推定手法、電子情報通信学会論文誌D分冊、Vol.J91-D, No.9, pp.2404-2417, 2008.

宮本賢志、松野浩嗣、井上愼一、哺乳類生物時計における遺伝子調節のペトリネットモデル、時間生物学、Vol. 14, No. 2, 口頭発表抄録番号O-19, 2008.

池上雄人, 道瀬ひとみ, 加藤玲子, 森浩禎, 松野浩嗣, システム生物学的アプローチによる大腸菌代謝酵素発現パターンの解析, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.242-244, 2008.

山本屋智章, 松野浩嗣, 森浩禎, 宮野悟, 大腸菌代謝機構モデルのための代謝パスウェイ整理システムの作成, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.240-241, 2008.

宮本賢志, 松野浩嗣, 井上愼一, 哺乳類生物時計における遺伝子転写調節のペトリネットモデル, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.238-239, 2008.

松井明生, 三藤なつ美, 松野浩嗣, 井上愼一, シミュレーションによる時計遺伝子Bmal,Clockの役割の検証, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.236-237, 2008.

樋岡幹司, 三輪良雅, 李晨, 葛崎偉, 松野浩嗣, 宮野悟, 時間ペトリネットによるシグナル伝達経路モデルの反応時間決定のアルゴリズムの提案, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.101-102, 2008.

三輪良雅, 樋岡幹司, Chen Li,Qi-Wei Ge, 松野浩嗣, 宮野悟, 実験データーに基づくシグナル伝達経路ペトリネットモデルの遅延時間推定手法, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.99-100, 2008.

角朝香, 岡田諒, 杉井学, 松野浩嗣, 機械学習を用いたタンパク質N-ミリストイル化予測ツールの評価, 平成20年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.393-394, 2008.

Natsumi Mitou, Yuto Ikegami, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Shin-ichi T. Inouye, Simulation analysis for the effect of light-dark cycle on phase entrainment in circadian rhythms, Genome Informatics, Vol. 20, pp.212-223, 2008.

Yoshimasa Miwa, Kanji Hioka, Chen Li, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Delay time estimation for Petri net models of signaling pathways based on experimental data, Proc. The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC2008), in CD-ROM, 4 pages, 2008.

Sayaka Kado, Ryo Okada, Manabu Sugii, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Evaluation of N-myristoylation prediction tool using machine learning, Proc. The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications (ITC-CSCC2008), in CD-ROM, 4 pages, 2008.

Manabu Sugii, Ryo Okada, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Performance improvement in protein N-myristoyl classification by BONSAI with insignificant indexing symbol, Genome Informatics, Vol.18, No.1, pp.277-286, 2007.

Chen Li, Qi-Wei Ge, Mitsuru Nakata, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Modelling and simulation of signal transduction in an apoptosis pathway by using timed Petri nets, Journal of Biosciences, Vol.32, No.1, pp.113-127, 2007.

松岡秀実, 池田信彦, 北風裕教, 松野浩嗣, SOMによる蛋白質情報を用いた癌細胞の分類手法の一考察, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, p.157, 2007.

樋岡幹司 , 李晨 , 松野浩嗣 , 宮野悟, 実験データに基づいたペトリネット分割によるシグナル伝達経路パラメータの推定方法の提案, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.127-128, 2007.

三藤なつ美, 松野浩嗣, 井上愼一 , シミュレーションによるマウス時計遺伝子フィードバックループの相補的働きの検証, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.125-126, 2007.

松井明生, 松野浩嗣, 井上愼一, シミュレーションに基づく哺乳類生物時計の振動位相決定遺伝子に関する一考察, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.123-124, 2007.

宮川千種, 杉井学, 松野浩嗣, 機械学習を用いたアポトーシス過程における機能タンパク質の特徴抽出, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.121-122, 2007.

池上雄人, 松野浩嗣, 井上愼一 , マウス時計遺伝子機構の光同調シミュレーション, 平成19年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集, pp.119-120, 2007.

Atsushi Doi, Masao Nagasaki, Kazuko Ueno, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, A combined pathway to simulate CDK-dependent phosphorylation and ARF-dependent stabilzation for p53 transcriptional activity, Genome Informatics, 17(1), pp.112-123, 2006.

Masao Nagasaki, Rui Yamaguchi, Ryo Yoshida, Seiya Imoto, Atsushi Doi, Yoshinori Tamada, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Tomoyuki Higuchi, Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data, Genome Informatics, 17(1), pp.46-61, 2006.

Atsushi Doi, Masao Nagasaki, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Simulation based validation of the p53 transcriptional activity with hybrid functional Petri net, In Silico Biology 6(1), pp.1-13, 2006.

Hiroshi Matsuno, Shin-Ichi T. Inouye, Yasuki Okitsu, Yasushi Fujii, Satoru Miyano, A new regulatory interactions suggested by simulations for circadian genetic control mechanism in mammals, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(1), pp.139-153, 2006.

Harada Y., Kashiwai R., Sato Y., Matsuno H., Yamanaka A., Expression ofcircadian clock gene during early embryonic development in Xenopus laevis, Zoological Science, Vol.23, No.12, pp.1194-1194, 2006.

三藤なつ美,松野浩嗣,井上愼一,宮野悟,ハイブリッド関数ペトリネットによるマウス時計遺伝子機構光応答シミュレーション,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.589-590, 2006. 

田中寿宜, 北風裕教, 松野浩嗣, 宮野悟,Cell Illustratorにおける計算環境支援ツールの開発,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.582-583, 2006.

北風裕教,松野浩嗣,宮野悟,リカレントニューラルネットワークを用いたハイブリッド関数ペトリネットの脆弱部位の推定,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.203-204, 2006.

岡田諒,宮川千種,杉井学,松野浩嗣,宮野悟,機械学習システムBONSAIへのワイルドカード実装の効果,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.178-179, 2006.

宮川千種, 岡田諒, 杉井学, 松野浩嗣, 宮野悟,機械学習を用いたcaspase-3によるタンパク質の切断規則の予測,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.176-177, 2006.

竹林謙太, 山ノ内昭洋, 佐藤正行, 浦上美佐子, 松野浩嗣,不均一な通信環境におけるモバイルエージェント再送機能の有効性評価,平成18年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.74-75, 2006.

Chen Li, Shunichi Suzuki, Qi-Wei Ge, Mitsuru Nakata, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Structual modeling and analysis of signaling pathways based on Petri net, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(5), pp.1119-1140, 2006.

Ryo Okada, Manabu Sugii, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Machine learning prediction of amino acid patterns in protein N-myristoylation, Lecture Notes in Bioinformatics 4146 (2006 Workshop on Pattern Recognition In Bioinformatics (PRIB'06)), pp.4-14, Springer, 2006.

Hironori Kitakaze, Hiroshi Matsuno, Nobuhiko Ikeda, Prediction of debacle points for robustness of biological pathways by using recurrent neural networks, Genome Informatics, 16(1), pp.192-202, 2005.

岡田諒、杉井学、松野浩嗣、宮野悟、機械学習によるタンパク質N-ミリストイル化規則の予測、平成17年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集、pp.270-271, 2005.

Masao Nagasaki, Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Petri net modeling of biological pathways, Proc. Algebraic Biology 2005 (Universal Academy Press), pp.19-31, 2005.

Chen Li, Shunichi Suzuki, Qi-Wei Ge, Mitsuru Nakata, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, A new proposal of Petri net based formulation for analyzing signaling pathways, Technical Report of IEICE, CST2004-39, pp.1-6, 2005.

Chen Li, Shunichi Suzuki, Qi-Wei Ge, Mitsuru Nakata, Hiroshi Matsuno, and Satoru Miyano, On modeling and analyzing signaling pathways with inhibitory interactions based on Petri net, Proc. The 2005 Internatinal Joint Conference of InCoB, AASBi and KSBI (BIOINFO2005), pp.348-353, 2005.

Hiroshi Matsuno, Shin-Ichi T. Inouye, Yasuki Okitsu, Yasushi Fujii, and Satoru Miyano, A new regulatory interactions suggested by simulations for circadian genetic control mechanism in mammals, Proc. The 3rd Asia-Pacific Bioinformatics Conference, pp.171-180, Imperial College Press, 2005.

Masafumi Nakano, Ryuhei Noda, Hironori Kitakaze, Hiroshi Matsuno, and Satoru Miyano, XML pathway file conversion between Genomic Object Net and SBML, Proc. The Third International Conference on Information, pp.585-588, 2004.

Sachie Fujita, Mika Matsui, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Modeling and simulation of fission yeast cell cycle on hybrid functional Petri net, IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences, E87-A(11), pp.2919-2928, 2004.

Atsushi Doi, Sachie Fujita, Hiroshi Matsuno, Masao Nagasaki, Satoru Miyano, Constructing biological pathway models with hybrid functional Petri nets, In Silico Biology 4 (3), pp.271-291, 2004.

Masao Nagasaki, Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, A Versatile Petri Net Based Architecture for Modeling and Simulation of Complex Biological Processes, Genome Informatics, 15(1), pp.180-197, 2004.

Masao Nagasaki, Atushi Doi, Hiroshi Matsuno, and Satoru Miyano, Integrating biopathway databases for large-scale modeling and simulation, Conferences in Research and Practice in Information Technology, Vol.29 (Yi-Ping Phoebe Chen, Ed.) (The Second Asia Pacific Bioinformatics Conference 2004), pp.43-52, 2004.

Mika Matsui, Sachie Fujita, Shunichi Suzuki, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Simulated Cell Division Processes of the Xenopus Cell Cycle Pathway by Genomic Object Net, Annual collection of articles of the Journal of Integrative Bioinformatics, 1, pp.95-104, Online Journal; http://journal.imbio.de/index.php?paper_id=3, 2004.

中野雅文,北風裕教,池田信彦,松野浩嗣,宮野悟,リカレントニューラルネットワークを用いたハイブリッド関数ペトリネットの速度推定システムの構築,平成16年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.216-217, 2004.

北風裕教,野田竜平,松野浩嗣,宮野悟,リカレントニューラルネットワークを用いた細胞内反応システムにおけるロバストネス瓦解部位予測,平成16年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.191-192, 2004.

鈴木俊一,松野浩嗣,宮野悟,オブジェクト指向型ペトリネットによる線虫の受精から第一分裂開始までのモデル化,平成16年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集,pp.186-187, 2004.

山根理恵、山崎直之、松野浩嗣、村上柳太郎、梅崎淳子、宮野悟、ハイブリッド関数ペトリネットによるDelta-Notchシグナル伝達系のモデル化とシミュレーション、平成15年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集、pp.521-522, 2003.

藤田祥恵、松井美香、松野浩嗣、宮野悟、ハイブリッド関数ペトリネットによるアフリカツメガエルの細胞周期シミュレーション、平成15年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集、pp.389-390, 2003.

松井美香、藤田祥恵、松野浩嗣、宮野悟、ハイブリッド関数ペトリネットによるアフリカツメガエル細胞周期のモデル化、平成15年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集、pp.379-380, 2003.

土井淳、田中由紀子、長崎正朗、青島均、松野浩嗣、宮野悟、アポトーシスシグナル伝達経路のGenomic Object Netによるモデル化とシミュレーション、第16回回路とシステム(軽井沢)ワークショップ論文集、電子情報通信学会、pp.261-266, 2003.

Hiroshi Matsuno, Yukiko Tanaka, Hitoshi Aoshima, Atsushi Doi, Mika Matsui, Satoru Miyano, Biopathways Representation and Simulation on Hybrid Functional Petri Net, In Silico Biology, 3(3), pp.389 - 404, 2003.

Masao Nagasaki, Atushi Doi, Hiroshi Matsuno, and Satoru Miyano, Recreating biopathway database towards simulation, Lecture Notes in Computer Science 2602 (Proc. International workshop on Computational Methods in Systems Biology 2003), pp.168-169, 2003.

Hiroshi Matsuno, Ryutaro Murakami, Rie Yamane, Naoyuki Yamasaki, Sachie Fujita, Haruka Yoshimori, and Satoru Miyano, Boundary formation by Notch signaling in Drosophila multicellular systems: Experimental observations and a gene network modeling by Genomic Object Net, Proc. Pacific Symposium on Biocomputing 2003, pp.152-163, 2003.

Atsushi Doi, Masao Nagasaki, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Genomic Object Net II: how to model biopathways with hybrid functional Petri net with extension, Applied Bioinformatics, 2(3), pp.185-188, 2003.

Masao Nagasaki, Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano, Genomic Object Net I: a platform for modeling and simulating biopathways, Applied Bioinformatics, 2(3), pp181-184, 2003.

藤田祥恵、土井淳、松野浩嗣、宮野悟、ハイブリッド関数ペトリネットによる大腸菌のlacオペロンと解糖系の遺伝子ネットワークのモデル化とシミュレーション、第15回回路とシステム(軽井沢)ワークショップ論文集、電子情報通信学会、pp.601-606, 2002.

Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Mika Matsui, Yuichi Hirata, and Satoru Miyano, Simulation of biological systems by hybrid Petri net with an enhancement,Proc. The International Conference on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Science 2002, S5, pp.13-18, 2002.

Satoru Miyano, Hiroshi Matsuno, Genomic Object Net: Toward biopathway simulation, 第24回日本分子生物学会年会,W1aO-2, 2001.

Hiroshi Matsuno, Atsushi Doi, Yuichi Hirata, and Satoru Miyano, XML documentation of biopathways and their simulations in Genomic Object Net, Genome Informatics, 12, pp.54-62, 2001.

田中都子、中園早苗、松野浩嗣、宮野悟、エキスパートのための大規模データベースからの文献抽出システム、マルチメディア、分散、協調とモバイル(DICOMO2000)シンポジウム論文集、pp.301-306, 情報処理学会、2000.

松野浩嗣、土井淳、和田信明、宮野悟、ハイブリッドペトリネットによるλファージの誘発と逆調節機構の表現、第13回回路とシステム(軽井沢)ワークショップ論文集、電子情報通信学会、pp.263-268, 2000.

Hiroshi Matsuno, Atsushi Doi, Masao Nagasaki, and Satoru Miyano, Hybrid Petri net representation of gene regulatory network, Proc. Pacific Symposium on Biocomputing 2000, pp.341-352, 2000.

土井淳、杉坂友理、松野浩嗣、ハイブリッドペトリネットによるショウジョウバエの概日リズム振動機構の遺伝子制御ネットワーク表現、平成12年度電気・情報関連学会中国支部連合大会講演論文集、pp.86-87, 2000.

Miyako Tanaka, Sanae Nakazono, Hiroshi Matsuno, Hideki Tsujimoto, Yasuhiko Kitamura, Satoru Miyano, Intelligent system for topic survey in MEDLINE by keyword recommendation and learning text characteristics, Genome Informatics, 11, pp.73-82, 2000.

中園早苗、田中都子、松野浩嗣、宮野悟、機械学習による知的文献データベース検索ツール、電気・情報関連学会中国支部第50回連合大会講演論文集、pp.323-324, 1999.

Shin-ichi Usuzaka, Kim Lan Sim, Miyako Tanaka, Hiroshi Matsuno, and Satoru Miyano, A machine learning approach to reducing the work of experts in article selection from database: A case study for regulatory relations of S.cerevisiae gene in MEDLINE, Genome Informatics, 9, pp.91-101, 1998.